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提速近10倍！基于深度学习的全基因组选择新方法来了******

　　近日，中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用，将助力深度学习在全基因组选择中的应用，为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物（Molecular Plant）》上。

　　全基因组选择作为新一代育种技术，通过构建预测模型，根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择，从而缩短育种世代间隔，加快育种进程，节约成本，推动现代育种向精准化和高效化方向发展。

　　统计模型作为全基因组选择的核心，极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型，难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。

　　相较于传统模型，非线性模型（如深度网络神经）具备分析复杂非加性效应的能力，人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机，深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。

　　该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料，通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。

　　与其他五种主流预测方法相比，该方法有以下优点： 可以利用多组学数据开展全基因组预测；算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构，可以有效降低模型错误率，提高运行速度；预测精度稳健，在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当，在大规模数据集上预测优势更加明显；计算时间与传统方法相近，比已有深度学习方法提速近10倍；超参数调整对用户更加友好。

　　该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。

学术支持

中国农业科学院作物科学研究所

记者

宋雅娟

习近平同科特迪瓦总统瓦塔拉通电话******

　　新华社北京12月20日电 国家主席习近平20日下午应约同科特迪瓦总统瓦塔拉通电话。

　　习近平指出，科特迪瓦是中国在非洲的重要合作伙伴。明年是中科建交40周年，值得双方共同纪念。中方高度赞赏科方坚定恪守一个中国原则，愿同科方继续在涉及彼此核心利益问题上相互支持，巩固和深化中科关系，推动两国关系迈上新台阶。

　　习近平指出，中科合作具有广阔前景。中方愿同科方加强全方位合作，扩大农产品贸易，加强水稻、可可等种植和加工合作，支持科做大做强可可产业，希望中方支持承建的有关项目尽快建成并发挥效益。中方愿继续鼓励中国企业赴科投资兴业，拓展双方在数字经济、新能源等领域合作。中方赞赏科方发展和安全并重的执政理念，愿同科方加强政策交流，根据科方需求开展合作并提供力所能及的支持。中方始终秉持真实亲诚理念和正确义利观加强同非洲国家团结合作，愿继续以实际行动落实全球发展倡议和中非合作论坛行动计划，助力非洲发展。中方愿同科特迪瓦等非洲国家一道，维护国际公平正义，维护发展中国家共同利益。

　　瓦塔拉表示，再次祝贺习近平主席当选中共中央总书记。我对2018年对中国的国事访问留下深刻印象，对科中即将迎来建交40周年充满期待。中方为维护和促进包括科特迪瓦在内的地区和世界和平与安全、支持非洲国家经济社会发展提供了宝贵支持、作出了重要贡献，科方表示衷心感谢。科方对中国人民怀有美好情谊。科方坚定恪守一个中国原则，坚定支持多边主义，积极支持“一带一路”倡议。欢迎更多中国企业来科投资可可加工等产业，助力科工业化进程。科方愿同中方继续加强在中非合作论坛框架内合作，就地区和国际事务保持密切沟通协作。

　　（文图：赵筱尘 巫邓炎）